Quy định mới về quy trình kiểm tra thuế doanh nghiệp

Quy trình kiểm tra thuế mới đặt quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ và dữ liệu điện tử vào vị trí trung tâm. Ảnh minh họa AI

Ưu tiên kiểm tra từ xa trên dữ liệu điện tử

Quyết định số 1161/QĐ-CT của Cục Thuế ban hành Quy trình kiểm tra thuế có hiệu lực từ ngày 14/8/2026, thay thế Quy trình ban hành kèm Quyết định số 970/QĐ-TCT năm 2023, trừ các trường hợp chuyển tiếp.

Quy trình mới xác định rõ việc kiểm tra thuế dựa trên quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ và ứng dụng công nghệ thông tin, đồng thời hướng tới cải cách hành chính, tạo thuận lợi cho người nộp thuế.

Đối với người nộp thuế là tổ chức, việc kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế được ưu tiên thực hiện trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Những hồ sơ có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ sẽ được hệ thống rà soát, đánh giá để xác định các trường hợp rủi ro cao cần kiểm tra, giải trình hoặc bổ sung tài liệu.

Nguồn thông tin phục vụ phân tích không chỉ giới hạn ở tờ khai. Cơ quan thuế có thể đối chiếu với hóa đơn điện tử, dữ liệu quản lý thuế và các nguồn thông tin được thu thập, chia sẻ hợp pháp để nhận diện những dấu hiệu bất thường.

Điều đáng lưu ý là cảnh báo rủi ro không mặc nhiên đồng nghĩa doanh nghiệp có vi phạm. Trường hợp hệ thống cảnh báo nhưng quá trình rà soát không phát hiện dấu hiệu khai sai, hồ sơ được lập phiếu nhận xét, báo cáo cấp có thẩm quyền và lưu theo quy định.

Có cơ hội giải trình trước khi kiểm tra trực tiếp

Quy trình mới cũng thiết lập các bước giải trình trước khi hồ sơ có thể được chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Khi phát hiện hồ sơ có dấu hiệu khai sai hoặc chưa chính xác, cơ quan thuế gửi thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đối với nội dung rủi ro. Thời hạn giải trình ghi trong thông báo không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.

Nếu doanh nghiệp chứng minh số thuế đã khai là đúng hoặc thực hiện khai bổ sung và làm rõ được nội dung, hồ sơ được chấp nhận. Trường hợp thông tin chưa đủ hoặc doanh nghiệp không phản hồi, cơ quan thuế có thể tiếp tục thông báo lần hai theo quy trình.

Chỉ khi rủi ro chưa được làm rõ, tùy từng trường hợp và căn cứ pháp luật, hồ sơ mới có thể được xử lý tiếp hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Một điểm đáng chú ý khác là nguyên tắc kế thừa kết quả kiểm tra. Khi chuyển sang kiểm tra tại doanh nghiệp, bộ phận kiểm tra phải sử dụng lại những dữ liệu, thông tin và hồ sơ đã được đối chiếu ở giai đoạn trước; phạm vi tiếp tục tập trung vào những nội dung chưa được giải trình và các rủi ro đã được xác định. Cơ chế này góp phần hạn chế yêu cầu người nộp thuế cung cấp lặp lại tài liệu.

Doanh nghiệp cần chú trọng chất lượng dữ liệu

Kèm Quyết định 1161/QĐ-CT là 34 biểu mẫu, được phân theo từng nhóm người nộp thuế và các mẫu sử dụng chung. Hệ thống biểu mẫu bao quát từ đề xuất kiểm tra, nhận xét hồ sơ, phân tích rủi ro đến xác nhận số liệu, báo cáo kết quả và bàn giao hồ sơ.

Tuy nhiên, đối với doanh nghiệp, vấn đề cần quan tâm hơn số lượng biểu mẫu là sự dịch chuyển trong phương thức kiểm tra.

Khi dữ liệu trở thành căn cứ quan trọng để sàng lọc rủi ro, doanh nghiệp cần bảo đảm tính chính xác và nhất quán giữa tờ khai thuế, hóa đơn điện tử, doanh thu, chi phí và các hồ sơ liên quan. Những biến động bất thường nếu có căn cứ kinh tế hợp lý cũng cần được lưu giữ chứng từ và dữ liệu để có thể giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.

Việc chuyển từ kiểm tra diện rộng sang lựa chọn hồ sơ dựa trên rủi ro có thể giảm áp lực kiểm tra trực tiếp đối với những doanh nghiệp tuân thủ tốt. Nhưng ở chiều ngược lại, nó cũng đặt ra yêu cầu cao hơn về quản trị dữ liệu và khả năng giải trình.

Trong môi trường quản lý thuế ngày càng số hóa, chuẩn hóa dữ liệu vì thế không còn đơn thuần là công việc của bộ phận kế toán mà đang trở thành một phần của quản trị rủi ro pháp lý trong doanh nghiệp.

Bình Nguyên