Ban IV: Doanh nghiệp không dễ hưởng ưu đãi thuế về đổi mới sáng tạo

Ban Nghiên cứu phát triển kinh tế tư nhân (Ban IV, thuộc Hội đồng tư vấn cải cách thủ tục hành chính của Thủ tướng Chính phủ) vừa có báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ tổng hợp kiến nghị của các hiệp hội, doanh nghiệp về khó khăn liên quan đến các chính sách hỗ trợ khoa học công nghệ.

Ban IV cho biết, hiện nay, theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP, các khoản chi cho hoạt động nghiên cứu, phát triển và đổi mới sáng tạo (R&D) của doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ tối đa 200% so với chi phí thực tế phát sinh. Đây là một chính sách quan trọng nhằm khuyến khích doanh nghiệp tăng đầu tư cho nghiên cứu và đổi mới sáng tạo.

Tuy nhiên, Ban IV cho rằng, trên thực tế, các doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn trong việc chuẩn bị hồ sơ để được hưởng ưu đãi này.

Theo Ban IV, doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn trong việc chuẩn bị hồ sơ để được hưởng ưu đãi trừ tới 200% chi phí cho hoạt động R&D và đổi mới sáng tạo khi xác định thu nhập chịu thuế.

Cụ thể, khó khăn lớn nhất hiện nay là sự chồng chéo và thiếu đồng bộ giữa các văn bản pháp luật. Doanh nghiệp đang phải tham chiếu đồng thời nhiều văn bản gồm Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo (ĐMST) cùng các nghị định hướng dẫn liên quan như Nghị định 320 và Nghị định 265.

Trong khi Nghị định 320 quy định về điều kiện chi phí được trừ về mặt thuế, thì Nghị định 265 lại quy định chi tiết về nội dung chi và hồ sơ hoạt động R&D. Hiện nay, giữa hai văn bản này vẫn chưa có hướng dẫn liên thông, đồng thời các cơ quan chức năng như Sở Khoa học và Công nghệ (KH&CN) hay Chi cục Thuế cũng chưa có hướng dẫn cụ thể về cách thức triển khai cho doanh nghiệp.

Về quy định hồ sơ, các doanh nghiệp phải đáp ứng danh mục thủ tục rất phức tạp. Theo Nghị định 265, hồ sơ yêu cầu đầy đủ từ đề xuất nội dung, ngân sách dự kiến, nghị quyết của lãnh đạo doanh nghiệp đến nhân lực, trang thiết bị và đặc biệt là hệ thống báo cáo dày đặc như: báo cáo tiến độ, nhật ký thí nghiệm, báo cáo thử nghiệm, báo cáo nghiệm thu và báo cáo kết quả. Đáng chú ý, doanh nghiệp còn phải cung cấp các minh chứng về kết quả như đơn đăng ký sáng chế, bài báo khoa học, giấy chứng nhận quyền bảo hộ sở hữu trí tuệ...

Theo tổng hợp từ Ban IV, cách thức quản lý này tương tự như quản lý các đề tài nghiên cứu bằng ngân sách nhà nước, không thực sự phù hợp với thực tiễn R&D tại doanh nghiệp. Đặc biệt, đối với các lĩnh vực công nghệ mới nổi có mức độ rủi ro cao, việc bắt buộc phải có kết quả nghiên cứu thành công hoặc giấy chứng nhận bảo hộ mới được công nhận chi phí là chưa sát với thực tế sản xuất kinh doanh, bởi nghiên cứu thực tế có thể không đi đến kết quả cuối cùng nhưng chi phí doanh nghiệp bỏ ra là có thật.

Trước những bất cập nêu trên, Ban IV đã đề xuất lên Thủ tướng Chính phủ 3 nhóm giải pháp trọng tâm:

Thứ nhất, đề nghị cơ quan thuế tại các tỉnh, thành phố chủ động phối hợp với Sở Khoa học và Công nghệ địa phương ban hành hướng dẫn cụ thể cho doanh nghiệp về điều kiện các khoản chi liên quan đến phát triển khoa học và công nghệ thực hiện theo quy định của pháp luật về khoa học công nghệ và đổi mới sáng tạo. Việc phối hợp liên ngành này sẽ giúp tháo gỡ khó khăn trong việc thực thi tại chỗ cho doanh nghiệp.

Thứ hai, cần sớm ban hành Thông tư hướng dẫn chi tiết thi hành Nghị định 265/2025/NĐ-CP ngày 14/10/2025. Thông tư này cần quy định rõ ràng về các quy trình và hệ thống biểu mẫu thống nhất, giúp doanh nghiệp có căn cứ chuẩn bị hồ sơ đối với nội dung chi nghiên cứu phát triển và đổi mới sáng tạo một cách thuận lợi.

Thứ ba, đơn giản hóa triệt để bộ hồ sơ thực hiện khi triển khai hoạt động chi cho nghiên cứu và phát triển công nghệ. Đặc biệt, cần xem xét lại yêu cầu về việc minh chứng kết quả nghiên cứu khoa học (như bằng sáng chế, bài báo khoa học...). Việc đơn giản hóa này cần dựa trên thực tế là hoạt động R&D luôn tiềm ẩn rủi ro không đạt kết quả như kỳ vọng, nhưng các chi phí đó vẫn cần được ghi nhận là chi phí hợp lý của doanh nghiệp khi họ đã thực hiện đầu tư thực tế.

Minh Thu