Những điều cần lưu ý khi trích lập và dùng quỹ phát triển KHCN trong doanh nghiệp

Về bản chất, việc cho phép doanh nghiệp trích lập quỹ KHCN là một công cụ tài chính - thuế mang tính chiến lược, giúp doanh nghiệp tái phân bổ lợi nhuận trước thuế sang các hoạt động có giá trị gia tăng cao. Tuy nhiên, cơ chế này không phải là miễn thuế tuyệt đối. Trường hợp sử dụng quỹ KHCN sai mục đích, không đạt tỷ lệ sử dụng tối thiểu theo quy định hoặc vi phạm nghĩa vụ kê khai, doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế TNDN tương ứng với phần trích lập không hợp lệ, kèm theo tiền chậm nộp.

Khi nào doanh nghiệp được trích lập?

Luật Thuế TNDN quy định doanh nghiệp được trích tối đa 20% thu nhập tính thuế hàng năm để lập quỹ KHCN. Quy định này cần được hiểu chính xác ở hai điểm: (i) căn cứ tính trích lập là “thu nhập tính thuế”(1), không phải “doanh thu” hay “thu nhập chịu thuế”(2); và (ii) mức 20% là mức trần, doanh nghiệp có quyền quyết định tỷ lệ trích cụ thể tùy theo nhu cầu.

Khoản trích để lập quỹ KHCN được xác định theo từng kỳ tính thuế và được trừ vào thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp khi xác định nghĩa vụ thuế. Ngoài ra, do bản chất quỹ KHCN được hình thành từ phần thu nhập tính thuế mà doanh nghiệp đã được trừ. Vì vậy để tránh tình trạng “khấu trừ hai lần”, các khoản chi được “tài trợ” bởi quỹ KHCN sẽ không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

Bên cạnh đó, trường hợp doanh nghiệp đã lựa chọn trích lập Quỹ phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số theo quy định tại Nghị quyết 198/2025/QH15 thì không trích lập Quỹ KHCN theo quy định tại Luật Thuế TNDN bởi về cơ bản, hai loại quỹ này là một và đều được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

Phải sử dụng đúng mục đích

Việc trích lập quỹ KHCN là quyền lựa chọn của doanh nghiệp, không phải nghĩa vụ bắt buộc theo luật định. Tuy nhiên, một khi đã thực hiện trích lập và hưởng cơ chế giảm thuế tương ứng, doanh nghiệp phải tuân thủ nghĩa vụ sử dụng tối thiểu 70% số quỹ và sử dụng quỹ KHCN đúng mục đích luật định trong thời hạn năm năm kể từ khi trích lập. Nếu vi phạm có thể dẫn đến việc phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.

Doanh nghiệp cần lưu ý các khoản chi từ quỹ KHCN phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ. Do quỹ KHCN được hình thành từ phần thu nhập đã được trừ khỏi cơ sở tính thuế, mọi khoản chi ra từ đây phải được kiểm soát chặt chẽ về mặt tài chính và chứng minh bằng hệ thống chứng từ kế toán phù hợp. Trường hợp khoản chi không có hoặc không đáp ứng yêu cầu về hóa đơn, chứng từ, doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ với Nhà nước.

Bên cạnh đó, quỹ KHCN chỉ được sử dụng cho các hoạt động đầu tư nghiên cứu gắn liền với phát triển khoa học, công nghệ và các nội dung theo quy định của pháp luật. Đồng nghĩa với việc doanh nghiệp không được tùy ý phân bổ quỹ cho các mục đích sản xuất - kinh doanh thông thường, đầu tư tài chính hoặc chi phí quản lý không phục vụ cho mục đích phát triển khoa học và công nghệ.

Các yêu cầu khi lập và sử dụng quỹ KHCN

Khoản trích quỹ trước thì sử dụng trước. Việc sử dụng quỹ được tính theo nguyên tắc khoản trích quỹ trước thì sử dụng trước nhằm đảm bảo tính minh bạch và khả năng kiểm soát quỹ. Đồng thời, pháp luật cũng trao cho doanh nghiệp sự linh hoạt nhất định khi nhu cầu chi cho hoạt động KHCN trong năm vượt quá số dư hiện có của quỹ.

Lúc này, doanh nghiệp có thể lựa chọn hoặc hạch toán phần vượt vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế trong kỳ, hoặc trích trước quỹ của các năm tiếp theo để bù đắp phần thiếu hụt theo cơ chế được luật định. Quy định này vừa đảm bảo mục tiêu khuyến khích đầu tư cho nghiên cứu và phát triển, vừa duy trì nguyên tắc quản lý chặt chẽ nguồn quỹ gắn với nghĩa vụ thuế tương ứng.

Tuân thủ các thủ tục hành chính bắt buộc. Theo yêu cầu, doanh nghiệp phải thông báo thành lập quỹ KHCN trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày lập quỹ cho sở khoa học và công nghệ thuộc UBND cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế. Bên cạnh đó, hằng năm doanh nghiệp phải lập Báo cáo theo mẫu và gửi cho cơ quan thuế và cơ quan quản lý trực tiếp về KHCN, là sở khoa học và công nghệ và sở tài chính.

Thời hạn nộp báo cáo trùng với thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm. Trường hợp có điều chuyển nguồn giữa các quỹ trong cùng hệ thống như giữa công ty mẹ và công ty con, doanh nghiệp còn phải báo cáo riêng tình hình nhận và sử dụng phần quỹ được điều chuyển cho các cơ quan có thẩm quyền.

Ngoài ra, các quy định mới còn yêu cầu doanh nghiệp ngay từ kỳ trích lập đầu tiên phải xây dựng, phê duyệt và gửi cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý các quy chế nội bộ, bao gồm quy chế khoa học và công nghệ từ quy định về đề xuất, xác định nhiệm vụ, tổ chức thực hiện và nghiệm thu nhiệm vụ khoa học và công nghệ cho tới quy chế chi tiêu, sử dụng quỹ. Các quy chế này phải được gửi cùng thời điểm nộp Báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng quỹ.

Một số khuyến nghị cho doanh nghiệp

Việc không xác định hoặc xác định không đúng các nghĩa vụ pháp lý cần tuân thủ khi trích lập quỹ KHCN có thể dẫn đến các rủi ro pháp lý, từ đó làm giảm uy tín doanh nghiệp trên thị trường cũng như trong mắt cơ quan quản lý. Vì vậy, doanh nghiệp cần tập trung vào một số lưu ý sau:

Đầu tiên, doanh nghiệp nên thiết lập một hệ thống theo dõi và kiểm soát riêng đối với toàn bộ dòng tiền được chi từ quỹ KHCN, bao gồm cơ chế hạch toán tách bạch, lưu trữ hóa đơn, chứng từ theo từng nhiệm vụ KHCN và xây dựng quy trình phê duyệt nội bộ rõ ràng. Việc này giúp tăng cường khả năng giải trình khi cơ quan thuế hoặc cơ quan quản lý chuyên ngành tiến hành thanh tra, kiểm tra; giảm thiểu rủi ro bị truy thu do sai sót chứng từ.

Việc trích lập quỹ KHCN là quyền lựa chọn của doanh nghiệp, không phải nghĩa vụ bắt buộc theo luật định. Tuy nhiên, một khi đã thực hiện trích lập và hưởng cơ chế giảm thuế tương ứng, doanh nghiệp phải tuân thủ nghĩa vụ sử dụng tối thiểu 70% số quỹ và sử dụng quỹ KHCN đúng mục đích luật định trong thời hạn năm năm kể từ khi trích lập.

Thứ hai, doanh nghiệp cần định kỳ rà soát tỷ lệ sử dụng quỹ KHCN so với mức tối thiểu theo quy định pháp luật, đặc biệt trước thời điểm kết thúc năm tài chính. Việc theo dõi thường xuyên giúp doanh nghiệp chủ động điều chỉnh kế hoạch triển khai, phân bổ nguồn lực phù hợp và tránh tình trạng không đạt ngưỡng sử dụng theo yêu cầu. Rà soát định kỳ cũng là cơ sở để đánh giá hiệu quả thực chất của việc trích lập quỹ thay vì chỉ dừng lại ở mục tiêu tối ưu hóa thuế.

Thứ ba, trước khi quyết định thành lập quỹ KHCN, doanh nghiệp nên thực hiện tư vấn pháp lý và thuế một cách toàn diện về điều kiện trích lập, quy trình thông báo, nghĩa vụ báo cáo cũng như các hệ quả thuế phát sinh trong quá trình sử dụng quỹ. Quyết định thành lập quỹ chỉ thực sự hiệu quả khi được đặt trên nền tảng tư vấn pháp lý vững chắc và chiến lược quản trị rõ ràng, giúp doanh nghiệp tận dụng đúng và đủ chính sách ưu đãi, đồng thời giảm thiểu rủi ro tuân thủ trong dài hạn.

Nếu được trích lập và sử dụng đúng cách, quỹ KHCN là một công cụ hiệu quả trong chiến lược phát triển KHCN của doanh nghiệp. Ngược lại, nếu vội vàng và thiếu sự kiểm soát chặt chẽ, đây có thể trở thành điểm rủi ro đáng kể trong các kỳ thanh tra, kiểm tra thuế mà doanh nghiệp có thể phải đối mặt trong tương lai.

(*) Công ty Luật TNHH HM&P

(1) Là tổng thu nhập chịu thuế từ kinh doanh, từ tiền lương, tiền công trừ các khoản đóng góp BHXH, BHYT, BHTN, bảo hiểm trách nhiệm nghề nghiệp đối với một số ngành, nghề phải tham gia bảo hiểm bắt buộc, quỹ hưu trí tự nguyện, các khoản giảm trừ.

(2) Là cơ sở để xác định thu nhập tính thuế, từ thu nhập tính thuế áp vào biểu thuế sẽ tính được số thuế phải nộp.

LS. Nguyễn Văn Phúc - Kiều Khanh (*)